Yönetmelikte yapılan değişikliklerden bazıları: “Antrepolardaki eşyanın başkasına devri başlıklı 333 üncü maddeye eklenen fıkra ile birlikte antrepodaki eşyanın başkasına devrine ilişkin işlemlerde, devralan tarafa 5 iş günü içinde gümrükçe onaylanmış bir işlem yapılmaması halinde Gümrük Kanunu’nun 241 nci maddesi kapsamında işlem uygulanması karara bağlanmıştır.
Yine belirtilen süre içinde eşyanın antrepodan çıkarılmaması halinde bu sürenin aşıldığı tarihten itibaren antrepo işleticisine ve devralana ayrı ayrı olmak üzere, aşılan her gün için Kanunun 241 inci maddesinin birinci fıkrası uyarınca işlem yapılması da hükme eklenen bir başka husus olmuştur.
Gümrük antrepolarına ilişkin yatırım izinlerinde Ticaret Odaları'ndan görüş alınması şartı, özel antrepolar için kaldırılmıştır.
Antrepo açılış talep başvurularının incelenmesi, yatırım izinlerinin karara bağlanması, antrepolarda değişiklik yapılması gereken hallerde Bakanlık yetkilendirilmiştir.
Antrepolarda yapılacak değişikliklerle ilgili olarak düzenlenecek tespit raporu görevi yetkilendirilmiş gümrük müşavirlerinden gümrük memurlarına devredilmiştir.
Antrepoya eşya girişinin durdurulması ve iznin geri alınması süreçleri Bölge Müdürlükleri'nce gerçekleştirilirken, yapılacak inceleme sonucunda antrepo açma ve işletme izninin geri alınma süreçlerinin Bakanlıkça sonuçlandırılması hükme bağlanmıştır.
Güvenlik önlemleri ile ilgili 555 inci madde hükümlerinde yapılan değişiklik ile birlikte Kapılarında çift kilit bulundurulması zorunlu olmayan geçici depolama yerleriyle antrepoları belirlemeye Bakanlık yetkili kılınmıştır.
Hareket idaresinde eşyanın taşıma aracına yüklenmesi ile ilgili hükümlerde Yetkilendirilmiş Gümrük Müşaviri (YGM) yetkileri kaldırılmış ve gümrük memuru tek yetkili kılınmıştır.
Antrepo stok kayıtlarının tutulması ile ilgili yetkilendirilmiş gümrük müşaviri yetkileri alınmış ve gümrük memuru tek yetkili kılınmıştır.
Antrepolardaki yıllık sayımlara ilişkin hükümlerdeki yetkilendirilmiş gümrük müşavirleri tarafından fiziki sayım yapılarak stok kayıtları altışar aylık dönemler itibarıyla tespit işlemleri ve buna ilişkin raporlanma işlemleri yürürlükten kaldırılmıştır.
Özelliği olan eşya için bilgi verme süreçlerinde yetkilendirilmiş gümrük müşaviri yetkileri alınmış görevli antrepo personeli ve gümrük memuru tek yetkili kılınmıştır.
Geçici depolama yeri ve antrepolara kimlerin girebileceği ilişkin hükümlerden yetkilendirilmiş gümrük müşavirleri çıkarılmıştır.
Yetkilendirilmiş gümrük müşaviri tanımı, sorumlulukları, YGM olabilme şartları, YGM yanında çalışılan süreler ve yetkilendirilmiş gümrük müşavirlerine uygulanacak cezalar ve yetki belgesi iptali hususlarına ilişkin Yönetmeliğin 574 ila 578 maddeleri yürürlükten kaldırılmıştır.
Yönetmelikte yapılan diğer tüm değişiklikleri içeren “Gümrük Yönetmeliğinde Değişiklik Yapılmasına Dair Yönetmelik” ilişikte yer almaktadır.”